Родился родился 16 июня 1955 года в городе Борисове Белорусской ССР (ныне Белоруссия) в семье армейского политработника.
В 1977 году окончил Ленинградский инженерно-экономический институт им. Пальмиро Тольятти. Кандидат экономических наук (1983).
1977-1982 гг. –инженер, затем ассистент Ленинградского инженерно-экономического института.
1982-1990 гг. – доцент ЛИЭИ.
В 1979-1987 годах руководил неформальным кружком "молодых экономистов", который был создан группой выпускников экономических вузов Ленинграда.
В 1987 г. стал одним из создателей политического клуба "Перестройка", целью которого было "продвижение демократических идей в широкие круги интеллигенции ".
В 1990 г. был назначен заместителем, затем первым заместителем председателя исполкома Ленсовета.
С ноября 1991 г. – председатель Государственного комитета РФ по управлению государственным имуществом, министр Российской Федерации.
За 1992 г. Госкомимуществом под руководством Чубайса была разработана программа приватизации и осуществлена ее техническая подготовка.
1 июня 1992 г. назначен первым заместителем председателя правительства России по вопросам экономической и финансовой политики.
С ноября 1994 г. по январь 1996 г. – первый заместитель председателя правительства РФ по вопросам экономической и финансовой политики.
7 марта 1997 г. был назначен первым заместителем председателя правительства РФ, с 17 марта – одновременно министром финансов Российской Федерации.
20 ноября 1997 г. был освобожден от должности министра финансов, сохранив за собой должность первого заместителя председателя правительства.
4 апреля 1998 г. на внеочередном собрании акционеров РАО "ЕЭС России" был избран в состав Совета директоров компании.
С 30 апреля 1998 г. по 30 июня 2008 г. – председатель правления РАО "ЕЭС России".
22 сентября 2008 г. указом президента был назначен генеральным директором Российской корпорации нанотехнологий.
С марта 2011 г. – председатель правления ОАО "Роснано".